일본 NPO법인은 편의점보다 많을까｜48,904법인의 실태와 세금의 흐름

가까이에 있는 시설의 수와 나란히 놓아 봅니다. 기준일이 맞지 않는 항목이 있어 각각의 시점을 함께 적었습니다.

편의점과 NPO법인은 둘 다 2026년 6월 말 수치여서 비교로 그대로 읽을 수 있습니다. NPO법인은 편의점보다 약 7,800 적고, 치과 진료소보다도 적습니다. 한편 우체국이나 초등학교보다는 훨씬 많고, 공익사단법인・공익재단법인의 합계 9,746과 비교하면 5배 규모입니다.

「편의점보다 많다」는 표현이 퍼진 데에는 이유가 있습니다. 예전에는 실제로 근접했기 때문입니다. 다음에서 보듯이 법인 수는 2018년을 정점으로 계속 줄고 있습니다.

「NPO법인이 너무 늘었다」는 말을 자주 봅니다. 그러나 내각부의 통계를 시계열로 나열하면 실태는 반대입니다. 인증 NPO법인의 수는 2018년 3월 말의 51,866법인이 정점이고, 그 이후 8년 연속으로 순감하고 있습니다.

줄고 있는 이유는 퇴장이 늘었기 때문이 아니라 신규 진입이 가늘어졌기 때문입니다. 새로 인증을 받는 법인은 내각부가 공표하는 월별 데이터로 산출하면 2013년도에는 연 3,200건을 넘었지만, 2025년도에는 연 1,200건을 밑도는 수준까지 떨어졌습니다. 약 12년 만에 3분의 1입니다. 한편 해산은 연 1,500건대로 높은 수준을 유지하고 있어, 차감하면 매년 수백 법인씩 줄어드는 형태가 되고 있습니다.

NPO법인의 누적 해산 수는 29,274법인（2026년 6월 30일 현재）. 설립된 법인의 40% 가까이가 이미 퇴장한 셈입니다. 주목할 것은 그 내역입니다.

해산의 80%는 자발적인 결의이지만, 약 5건 중 1건에 해당하는 5,594건은 관할청에 의한 인증 취소입니다. 취소는 연간 230~300건의 속도로 이어지고 있으며, 2025년도는 261건이었습니다.

취소의 근거는 특정비영리활동촉진법 제43조 제1항입니다. 관할청은 개선명령을 위반하여 다른 방법으로는 감독의 목적을 달성할 수 없을 때, 또는 3년 이상에 걸쳐 사업보고서 등의 제출을 하지 않을 때에 설립 인증을 취소할 수 있습니다. NPO법인은 제29조에 따라 매 사업연도 1회 사업보고서 등을 관할청에 제출할 의무가 있으며, 게을리하면 이사・감사 등에게 20만 엔 이하의 과태료가 부과될 수도 있습니다.

정관에 내건 활동 분야（복수 응답）로 보면 상위 3개는 다음과 같습니다. 분모는 2026년 3월 31일까지 인증을 받은 47,642법인이며, 비율은 본 사이트가 산출했습니다.

1법인당 평균 4개 안팎의 분야를 내걸고 있어 실제 주력 사업과 반드시 일치하지는 않습니다. 정관은 폭넓게 써 두는 것이 일반적이기 때문입니다. 분야별 수치는 「무엇을 하는 단체가 많은가」의 기준으로 보는 것이 타당합니다.

지역별로는 도쿄도가 8,586법인으로 전국의 17.6%를 차지하고, 가장 적은 후쿠이현은 229법인이었습니다. 다만 인구 10만 명당으로 나누어 보면 양상이 달라집니다. 전국 평균이 39.7법인인 데 비해 많은 곳은 야마나시현 62.7, 도쿄도 60.3, 도쿠시마현 54.6, 가고시마현 54.5, 돗토리현 54.4. 반대로 적은 곳은 아이치현 26.6, 히로시마현 27.0, 사이타마현 28.5입니다. 대도시권이라서 밀도가 높은 것은 아니며, 인구가 적은 현일수록 주민 1인당 법인 수가 많다는 역전이 일어나고 있습니다.

이 글에서 가장 쓰고 싶었던 것이 여기입니다. 결론부터 말하면 국가와 지방자치단체에서 NPO법인으로 흘러간 보조금・위탁비의 전국 총액을 보여주는 공표 통계는 확인할 수 없었습니다.

내각부는 매년 「NPO 관련 시책 예산 일람표」를 공표하고 있습니다. 최신판（레이와 7년도 및 레이와 8년도 예산）에는 통상 사업 258건과 부흥 관련 16건이 나열되어 있지만, 예산액 칸은 「130,376의 내수」와 같은 표기가 전체에서 181곳을 차지하며, 그 사업 예산 중 NPO로 향하는 금액은 분리되어 있지 않습니다. 일람표에 합계 행이 없고, 더하면 총액이 나오는 구조로 되어 있지 않은 것입니다.

그렇다면 무엇을 알 수 있는가. 내각부가 3년마다 실시하는 「특정비영리활동법인에 관한 실태조사」（최신은 2023년도・응답 2,937법인・회수율 44.6%）가 응답 법인의 수입 구성을 보여줍니다.

경상수익의 내역（2023년도 실태조사）

인증 NPO법인（응답 2,213법인）

인정・특례인정 NPO법인（응답 725법인）

의외로 여겨질 수 있지만, 보통의 NPO법인은 수입의 80%가 사업수익이고 기부금은 1.7%밖에 되지 않습니다. 「기부로 유지되는 단체」라는 이미지는 인정을 받은 극히 일부 법인에만 해당합니다.

다만 이것을 「세금은 들어가지 않는다」고 읽는 것은 너무 이릅니다. 같은 조사에서 주된 수입원을 하나만 고르게 하면 인증법인의 20.0%가 「행정으로부터의 위탁 또는 지정관리자로서의 업무」, 19.1%가 「행정으로부터의 지원금・보조금」이라고 답하고 있습니다. 합치면 약 40%의 법인이 주된 수입을 행정에서 얻고 있다는 것이 됩니다. 위탁비는 조사의 분류상 「사업수익」에 포함되어 버리기 때문에, 구성비 그래프에서는 행정 의존이 잘 보이지 않는다는 점에 주의가 필요합니다.

한편 보조금・지원금 수령이 1엔도 없는 인증법인은 44.2%에 이릅니다. 행정 자금에 강하게 의존하는 법인과 전혀 받지 않는 법인으로 뚜렷하게 갈리는 것이 실태입니다.

금액 이야기를 한 걸음 더 진행합니다. 1법인당 특정비영리활동사업의 경상수익은 평균 2,874.6만 엔에 비해 중앙값은 600.4만 엔（인증법인・2023년도 조사）. 평균이 중앙값의 약 4.8배라는 격차는 극히 일부의 대규모 법인이 평균을 끌어올리고 있음을 의미합니다.

인증법인의 대략 절반은 연간 수입이 500만 엔 이하로, 이는 상근 직원을 1명 고용하는 것이 고작인 규모입니다. 「NPO법인」이라고 한데 묶어 말하는 것 자체에 무리가 있습니다. 연 수입 0엔인 법인과 연간 20억 엔을 넘는 법인이 같은 법인격 안에 함께 있습니다.

여기부터는 독자에게 실익이 되는 이야기입니다. NPO법인에 대한 기부로 세금이 가벼워지는 것은 인정 NPO법인 또는 특례인정 NPO법인에 기부한 경우뿐입니다. 서두에서 본 대로 이는 전체의 2.7%（1,314법인）에 불과합니다. 나머지 97%에 대한 기부는 응원은 되어도 공제 대상은 되지 않습니다.

인정 NPO법인에 대한 기부라면 소득세는 다음 중 유리한 쪽을 선택할 수 있습니다.

• 세액공제: （그해 기부금의 합계액 − 2,000엔）× 40%. 다만 그해 소득세액의 25%가 상한
• 소득공제: （그해 기부금의 합계액 − 2,000엔）을 소득에서 차감

또한 거주하는 도도부현・시구정촌이 조례로 그 법인을 지정하고 있으면 주민세에서도 （기부금의 합계액 − 2,000엔）× 10%（도도부현분 4%＋시구정촌분 6%）가 차감됩니다. 양쪽이 다 적용되면 합계 최대 50%입니다.

어느 경우든 2,000엔을 뺀 뒤에 비율을 곱하므로 소액 기부일수록 실제로 돌아오는 몫은 작아집니다. 상한도 여러 개 있습니다. 세액공제는 그해 소득세액의 25%까지, 공제 대상으로 삼을 수 있는 기부금은 총소득금액 등의 40%까지（주민세는 30%까지）. 고액을 기부해도 전액이 공제 대상이 된다고는 할 수 없습니다.

인정을 받는 문턱은 낮지 않다

인정이 2.7%에 그치는 것은 심사의 중심에 퍼블릭 서포트 테스트라는 요건이 있기 때문입니다. 다음 3가지 중 하나를 충족해야 합니다.

1. 상대값 기준: 경상수입 중 기부금 등 수입이 5분의 1（20%） 이상을 차지할 것
2. 절대값 기준: 연평균 100명 이상으로부터 1인당 3,000엔 이상의 기부를 받고 있을 것
3. 조례 개별지정: 신청 전날까지 도도부현 또는 시구정촌의 조례로 개인주민세 기부금 세액공제의 대상 법인으로 개별 지정을 받을 것

요컨대 「널리 시민에게 지지받고 있다」는 것을 숫자로 증명하지 못하면 인정은 받을 수 없습니다. 행정으로부터 보조금이나 위탁비를 아무리 많이 받고 있어도 그것은 이 기준을 충족하는 데 도움이 되지 않습니다. 제도는 결코 느슨하지 않다는 것이 숫자에서 보이는 모습입니다.

NPO법인은 무세가 아니다

또 하나 오해가 많은 것이 법인 측의 과세입니다. NPO법인은 법인세법상 공익법인 등으로 간주되지만, 수익사업을 하면 법인세가 부과되고 세율은 보통법인과 같습니다. 수익사업은 법인세법 시행령에서 34개 업종이 한정 열거되어 있으며, 물품판매업・도급업・음식점업・의료보건업・기예교수업・주차장업 등이 포함됩니다. 본래의 목적인 활동이라도 이 34개 업종에 해당하면 과세 대상입니다.

우대로 실제로 있는 것은 다음 2가지입니다. 인정 NPO법인만 사용할 수 있는 간주기부금（수익사업의 자산에서 본래 사업으로 지출한 금액을 기부금으로 간주하여 소득의 50% 또는 연 200만 엔 중 많은 금액까지 손금 산입할 수 있음）과 지자체 조례에 의한 법인주민세 균등할의 감면입니다. 후자는 취급이 지자체마다 달라, 예를 들어 교토부에서는 수익사업을 하지 않는 NPO법인의 부민세 균등할 2만 엔이 신청 없이 면제되지만 전국적으로 동일하지는 않습니다.

NPO법인을 둘러싼 논의는 감정적이 되기 쉽습니다. 지금까지 본 일차 정보만을 사용해 자주 들리는 지적을 두 가지로 나누어 봅니다.

비판해야 할 점은 분명히 있습니다. 다만 그것은 「NPO가 너무 많다」는 것도, 「NPO가 세금에 기대고 있다」는 것도 아니라, 공적 자금이 어디로 얼마나 흘러갔는지를 국민이 합리적인 비용으로 확인할 수 없다는 제도 설계의 문제입니다. 수의 이야기와 돈의 투명성 이야기는 나누어 생각할 필요가 있습니다.